Los programas de SePerú se enmarcan en tres ejes principales de trabajo:
1 - Eje de Planificación y Gestión Territorial,
2 - Eje de Capacidades y Emprendimiento Social, y
3 - Eje de Ecología, Políticas y Gobernanza
sePerú se dedica tanto al desarrollo del talento humano, como a contribuir en el fortalecimiento de la necesaria institucionalidad publica, comunal y privada, quienes en conjunto co-gestionan ecosistemas con la finalidad de generar beneficios por igual en los aspectos socio/culturales, económicos y ambientales para todos los peruanos.
